UNC-lab gebruikt genetische sequencing om geheimen van het COVID-19-veroorzakende virus aan te pakken
Datum gepubliceerd:KAPEL HILL – A studie gepubliceerd in Celrapporten laat zien hoe genetische sequencing van de volgende generatie mutaties in het SARS-CoV-2-virus kan volgen, wat in feite kan helpen bij het traceren van de overdracht, de nauwkeurigheid van diagnostische tests en de effectiviteit van vaccins.
“Als je eenmaal de genetische sequentie van het virus hebt met next-generation sequencing (NGS), kun je meer vragen gaan stellen”, zegt Dirk Dittmer, PhD, hoogleraar microbiologie en immunologie aan de UNC School of Medicine, en senior auteur van het onderzoek. . “Waar hebben we deze exacte reeks eerder gezien? Kwam het uit een andere staat of land? Wanneer is deze patiënt daarheen gereisd en wie heeft het nog meer?”
Dittmer zegt dat dit soort virusmonitoring ook belangrijk is bij diagnostische tests. Veel van de tests die zijn ontwikkeld om COVID-19 te diagnosticeren, zoeken naar een deel van de gensequentie die het nieuwe coronavirus veroorzaakt. Als die reeks muteert, is de test niet langer nauwkeurig en worden de resultaten beïnvloed. Dittmer zegt dat zijn team binnen hun onderzoek variaties in de genetische sequentie van het virus heeft gevonden, maar gelukkig bevonden geen van de variaties zich in het deel van het virus waarop algemene diagnostische tests betrekking hadden.
"We maken ons echter zorgen over toekomstige mutaties", zei Dittmer. “Het is inherent aan de aard van een virus om te muteren. Veranderingen in andere gebieden van de genetische sequentie kunnen niet alleen het testen verstoren, maar ook de effectiviteit van vaccins belemmeren.”
Dat is de reden waarom het laboratorium van Dittmer samenwerkt met meerdere andere laboratoria bij UNC-Chapel Hill om op de hoogte te blijven van wat er eventueel moet worden gewijzigd in de testprotocollen en mogelijke vaccinontwikkeling. Het laboratorium van Dittmer ontvangt positieve SARS-CoV-2-monsters van het laboratorium van Melissa Miller, PhD, directeur van UNC Medical Center Microbiology en Molecular Microbiology Laboratories, waar de diagnostische tests voor COVID-19 van UNC werden ontwikkeld en op 16 maart werden ingevoerd.
“Omdat we slechts naar één gensequentie voor het virus kijken, hebben we de FDA verteld dat we voortdurend zullen monitoren op veranderingen in deze gensequentie, zodat we er zeker van kunnen zijn dat onze test nog steeds betrouwbaar is”, zegt Miller, een mede-onderzoeker. auteur van de studie. “NGS zal ons daarbij helpen.”
De recente studie van Dittmer is de grootste die zich richt op gemeenschappen in de voorsteden en op het platteland. Onderzoekers waren in staat het mutatielandschap te reconstrueren van gevallen die werden gezien in het UNC Medical Center in Chapel Hill, NC, een tertiair klinisch zorgcentrum. Van 30 maart tot en met 8 mei werden 175 monsters van bevestigde COVID-19-positieve patiënten geanalyseerd.
Van de geteste monsters droeg 57% de piek-D614G-variant die in soortgelijke onderzoeken werd opgemerkt. De aanwezigheid van deze variant gaat gepaard met een hoger aantal genoomkopieën en de prevalentie ervan is tijdens de pandemie toegenomen. De genetische variaties die in deze monsters worden aangetroffen ondersteunen ook de hypothesen dat de meerderheid van de gevallen in North Carolina afkomstig was van mensen die binnen de VS reisden in plaats van internationaal.
Met een subsidie van de NC Policy Collaboratory, gevestigd in UNC-Chapel Hill, zal het laboratorium van Dittmer NGS blijven gebruiken om het SARS-CoV-2-virus de rest van 2020 op te sporen. Het doel is om elke patiënt in UNC-ziekenhuizen met griep of ademhalingsproblemen in te schrijven. symptomen voor diagnostische tests op COVID-19. Deze monsters zullen worden gesequenced en samengesteld om een uitgebreid profiel te vormen van elk virus dat deze patiënten bij zich dragen, informatie die een gemeenschap van onderzoekers zal blijven helpen in hun strijd tegen SARS-CoV-2 en mogelijk nieuwe coronavirussen.
Dittmer is ook lid van het UNC Lineberger Comprehensive Cancer Center. Co-auteurs van deze studie zijn onder meer Ralph Baric, Ryan McNamara, Carolina Caro-Vegas, Justin Landis, Razia Moorad, Linda Pluta, Anthony Eason, Cecilia Thompson, Aubrey Bailey, Femi Cleola Villamor, Philip Lange, Jason Wong, Tischan Seltzer, Jedediah Seltzer, Yijun Zhou, Wolfgang Vahrson, Angelica Juarez, James Meyo, Tiphaine Calabre, Grant Broussard, Ricardo Rivera-Soto, Danielle Chappell en Blossom Damania, allemaal aangesloten bij UNC-Chapel Hill.
Dit werk werd gefinancierd door subsidies CA016086, CA019014 en CA239583 van de publieke gezondheidszorg aan DPD. Er werd ook financiering verstrekt door het University Cancer Research Fund en de UNC School of Medicine.
(C) UNC
Originele artikelbron: WRAL TechWire