Laboratorio UNC che utilizza il sequenziamento genetico per svelare i segreti del virus che causa il COVID-19

Data di pubblicazione: 23 ottobre 2020

COLLINA DELLA CAPPELLA – A studio pubblicato In Rapporti di cella mostra come il sequenziamento genetico di prossima generazione possa tracciare le mutazioni nel virus SARS-CoV-2, il che può effettivamente aiutare con il tracciamento della trasmissione, l’accuratezza dei test diagnostici e l’efficacia del vaccino.

"Una volta ottenuta la sequenza genetica del virus con il sequenziamento di prossima generazione (NGS), è possibile iniziare a porre più domande", ha affermato Dirk Dittmer, PhD, professore di microbiologia e immunologia presso la UNC School of Medicine e autore senior dello studio. . “Dove abbiamo già visto questa sequenza esatta? Proviene da uno stato o paese diverso? Quando è arrivato lì questo paziente e chi altro potrebbe averlo?"

Dittmer afferma che questo tipo di monitoraggio dei virus è importante anche nei test diagnostici. Gran parte dei test sviluppati per diagnosticare il COVID-19 cercano una porzione della sequenza genetica che causa il nuovo coronavirus. Se tale sequenza muta, il test non è più accurato e i risultati verranno influenzati. Dittmer afferma che nel corso dello studio, il suo team ha trovato variazioni nella sequenza genetica del virus, ma fortunatamente nessuna delle variazioni è stata individuata nella porzione del virus presa di mira nei comuni test diagnostici.

"Siamo però preoccupati per le future mutazioni", ha detto Dittmer. “Mutare è insito nella natura del virus. I cambiamenti in altre aree della sequenza genetica possono non solo interrompere i test, ma ostacolare l’efficacia dei vaccini”.

Ecco perché il laboratorio di Dittmer ha collaborato con molti altri laboratori dell'UNC-Chapel Hill per rimanere aggiornato su eventuali modifiche da apportare ai protocolli di test e al possibile sviluppo di vaccini. Il laboratorio di Dittmer riceve campioni positivi per SARS-CoV-2 dal laboratorio di Melissa Miller, PhD, direttrice dei laboratori di microbiologia e microbiologia molecolare dell'UNC Medical Center, dove il test diagnostico COVID-19 dell'UNC è stato sviluppato e messo in atto il 16 marzo.

"Poiché stiamo esaminando solo una sequenza genetica per il virus, abbiamo detto alla FDA che monitoreremo continuamente i cambiamenti in questa sequenza genetica in modo da poter essere certi che il nostro test sia ancora affidabile", ha affermato Miller, un co- autore dello studio. “NGS ci aiuterà a farlo”.

Il recente studio di Dittmer è il più ampio che si concentra sulle comunità suburbane e rurali. I ricercatori sono stati in grado di ricostruire il panorama mutazionale dei casi osservati presso l’UNC Medical Center di Chapel Hill, Carolina del Nord, un centro di assistenza clinica terziaria. Dal 30 marzo all’8 maggio sono stati analizzati 175 campioni di pazienti confermati positivi al COVID-19.

Dei campioni testati, 57% portava la variante del picco D614G notata in studi simili. La presenza di questa variante è associata a un numero di copie del genoma più elevato e la sua prevalenza si è ampliata durante la pandemia. Le variazioni genetiche trovate in questi campioni supportano anche l’ipotesi secondo cui la maggior parte dei casi nella Carolina del Nord provenivano da persone che viaggiavano negli Stati Uniti piuttosto che a livello internazionale.

Con una sovvenzione del NC Policy Collaboratory con sede a UNC-Chapel Hill, il laboratorio di Dittmer continuerà a utilizzare NGS per tracciare il virus SARS-CoV-2 per il resto del 2020. L'obiettivo è arruolare ogni paziente presso gli ospedali UNC con influenza o malattie respiratorie sintomi per i test diagnostici COVID-19. Questi campioni saranno sequenziati e compilati per formare un profilo completo di qualsiasi virus portato da questi pazienti, informazioni che continueranno ad aiutare una comunità di ricercatori nella lotta contro la SARS-CoV-2 e potenzialmente nuovi coronavirus.

Dittmer è anche membro dell'UNC Lineberger Comprehensive Cancer Center. I coautori di questo studio includono Ralph Baric, Ryan McNamara, Carolina Caro-Vegas, Justin Landis, Razia Moorad, Linda Pluta, Anthony Eason, Cecilia Thompson, Aubrey Bailey, Femi Cleola Villamor, Philip Lange, Jason Wong, Tischan Seltzer, Jedediah Seltzer, Yijun Zhou, Wolfgang Vahrson, Angelica Juarez, James Meyo, Tiphaine Calabre, Grant Broussard, Ricardo Rivera-Soto, Danielle Chappell e Blossom Damania, tutti affiliati a UNC-Chapel Hill.

Questo lavoro è stato finanziato dalle sovvenzioni del servizio sanitario pubblico CA016086, CA019014 e CA239583 a DPD. Il finanziamento è stato fornito anche dal Fondo universitario per la ricerca sul cancro e dalla Scuola di Medicina dell’UNC.

(C) UNC

Fonte articolo originale: WRAL TechWire