מעבדת UNC משתמשת ברצף גנטי כדי להתמודד עם סודות הנגיף הגורם ל-COVID-19
תאריך פרסום:CHAPEL HILL – א מחקר שפורסם ב דוחות תאים מראה כיצד רצף גנטי מהדור הבא יכול לעקוב אחר מוטציות בנגיף SARS-CoV-2, אשר יכול למעשה לסייע במעקב אחר העברה, דיוק בדיקות אבחון ויעילות חיסונים.
"ברגע שיש לך את הרצף הגנטי של הנגיף עם רצף הדור הבא (NGS), אז אתה יכול להתחיל לשאול שאלות נוספות", אמר דירק דיטמר, דוקטורט, פרופסור למיקרוביולוגיה ואימונולוגיה בבית הספר לרפואה של UNC, ומחבר בכיר של המחקר . "איפה ראינו את הרצף המדויק הזה בעבר? האם זה הגיע ממדינה או מדינה אחרת? מתי החולה הזה נסע לשם ולמי עוד אולי יש את זה?"
דיטמר אומר שסוג זה של ניטור וירוסים חשוב גם בבדיקות אבחון. חלק גדול מהבדיקות שפותחו לאבחון COVID-19 מחפש חלק אחד מרצף הגנים שגורם לנגיף הקורונה החדש. אם הרצף הזה משתנה, הבדיקה כבר לא מדויקת והתוצאות יושפעו. דיטמר אומר שבתוך המחקר שלהם, הצוות שלו אמנם מצא וריאציות ברצף הגנטי של הנגיף, אך למרבה המזל אף אחת מהווריאציות לא אותרה בחלק של הנגיף הממוקד בבדיקות אבחון נפוצות.
"עם זאת, אנו מודאגים ממוטציות עתידיות", אמר דיטמר. "זה טבוע בטבעו של וירוס לעבור מוטציה. שינויים באזורים אחרים ברצף הגנטי יכולים לא רק לשבש את הבדיקות, אלא גם לעכב את יעילות החיסונים".
זו הסיבה שהמעבדה של דיטמר שיתפה פעולה עם מספר מעבדות אחרות ב-UNC-Chapel Hill כדי להישאר מעודכנת לגבי מה, אם בכלל, יש לבצע שינויים בפרוטוקולי הבדיקה ופיתוח חיסונים אפשרי. המעבדה של דיטמר מקבלת דגימות חיוביות של SARS-CoV-2 מהמעבדה של מליסה מילר, PhD, מנהלת מעבדות המרכז הרפואי למיקרוביולוגיה ומיקרוביולוגיה מולקולרית של UNC, שם פותחה בדיקות האבחון של COVID-19 של UNC והוצאו לפועל ב-16 במרץ.
"מכיוון שאנו מסתכלים רק על רצף גנים אחד של הנגיף, אמרנו ל-FDA שננטר ללא הרף אחר שינויים ברצף הגנים הזה כדי שנוכל להיות בטוחים שהבדיקה שלנו עדיין אמינה", אמר מילר, שותף ב- מחבר המחקר. "NGS יעזור לנו לעשות את זה."
המחקר האחרון של דיטמר הוא הגדול ביותר שהתמקד בקהילות פרבריות וכפריות. חוקרים הצליחו לשחזר את הנוף המוטציוני של מקרים שנראו במרכז הרפואי UNC בצ'פל היל, צפון קרוליינה, מרכז טיפול קליני שלישוני. מ-30 במרץ עד 8 במאי, נותחו 175 דגימות מחולים מאושרים עם נגיף ה-COVID-19.
מתוך הדגימות שנבדקו, 57% נשא את גרסת הספייק D614G שצוינה במחקרים דומים. הנוכחות של וריאנט זה קשורה למספר עותק גנום גבוה יותר ושכיחותה התרחבה לאורך המגיפה. הווריאציות הגנטיות שנמצאו בדגימות אלה תומכות גם בהשערות שרוב המקרים בצפון קרוליינה מקורם באנשים שנסעו בתוך ארה"ב ולא בינלאומית.
עם מענק משיתוף הפעולה למדיניות NC הממוקמת ב-UNC-Chapel Hill, המעבדה של דיטמר תמשיך להשתמש ב-NGS כדי לעקוב אחר נגיף ה-SARS-CoV-2 עד שארית שנת 2020. המטרה היא לרשום כל חולה לבתי חולים של UNC עם שפעת או נשימה תסמינים עבור בדיקות אבחון של COVID-19. דגימות אלו יעברו רצף ויקובצו כדי ליצור פרופיל מקיף של כל וירוס שחולים אלו נושאים, מידע שימשיך לעזור לקהילת חוקרים במאבקם נגד SARS-CoV-2 ועם פוטנציאל נגיפים חדשים.
Dittmer הוא גם חבר במרכז UNC Lineberger Comprehensive Cancer. מחברי מחקר זה כוללים את ראלף באריק, ריאן מקנמרה, קרולינה קארו-וגאס, ג'סטין לנדיס, ראזיה מוורד, לינדה פלוטה, אנתוני איסון, ססיליה תומפסון, אוברי ביילי, פמי קליולה וילמור, פיליפ לאנג, ג'ייסון וונג, טישן סלצר, ג'דידיה. Seltzer, Yijun Zhou, Wolfgang Vahrson, Angelica Juarez, James Meyo, Tiphaine Calabre, Grant Broussard, Ricardo Rivera-Soto, Danielle Chappell, and Blossom Damania, כולם מזוהים עם UNC-Chapel Hill.
עבודה זו מומנה על ידי מענקי שירותי הבריאות הציבוריים CA016086, CA019014 ו-CA239583 ל-DPD. המימון ניתן גם על ידי הקרן לחקר הסרטן של האוניברסיטה ובית הספר לרפואה של UNC.
(ג) UNC
מקור המאמר המקורי: WRAL TechWire