UNC-laboratorio, joka käyttää geneettistä sekvensointia COVID-19:ää aiheuttavan viruksen salaisuuksien selvittämiseen
Julkaisupäivä:CHAPEL HILL – A julkaistu tutkimus sisään Soluraportit osoittaa, kuinka seuraavan sukupolven geneettinen sekvensointi voi seurata mutaatioita SARS-CoV-2-viruksessa, mikä voi itse asiassa auttaa tartunnan jäljittämisessä, diagnostisten testausten tarkkuudessa ja rokotteiden tehokkuudessa.
"Kun sinulla on viruksen geneettinen sekvenssi seuraavan sukupolven sekvensoinnilla (NGS), voit alkaa kysyä lisää", sanoi Dirk Dittmer, PhD, mikrobiologian ja immunologian professori UNC:n lääketieteellisestä korkeakoulusta ja tutkimuksen vanhempi kirjoittaja. . "Missä olemme nähneet tämän tarkan sekvenssin aiemmin? Tuliko se eri osavaltiosta tai maasta? Milloin tämä potilas matkusti sinne ja kenellä muulla se voi olla?"
Dittmer sanoo, että tämäntyyppinen virusseuranta on tärkeää myös diagnostisessa testauksessa. Suuri osa COVID-19:n diagnosoimiseksi kehitetyistä testeistä etsii yhtä osaa geenisekvenssistä, joka aiheuttaa uuden koronaviruksen. Jos tämä sekvenssi mutatoituu, testi ei ole enää tarkka ja se vaikuttaa tuloksiin. Dittmer sanoo, että hänen tutkimuksessaan hänen tiiminsä löysi muunnelmia viruksen geneettisestä sekvenssistä, mutta onneksi mikään muunnelmista ei sijainnut siinä viruksen osassa, joka oli kohdistettu yleisissä diagnostisissa testeissä.
"Olemme kuitenkin huolissamme tulevista mutaatioista", Dittmer sanoi. ”Virukselle on luontaista muuntua. Muutokset geneettisen sekvenssin muilla alueilla eivät voi vain häiritä testausta, vaan heikentää rokotteiden tehokkuutta."
Siksi Dittmerin laboratorio on tehnyt yhteistyötä useiden muiden UNC-Chapel Hillin laboratorioiden kanssa pysyäkseen ajan tasalla siitä, mitä muutoksia testauskäytäntöihin ja mahdolliseen rokotteiden kehittämiseen pitäisi tehdä. Dittmerin laboratorio vastaanottaa positiivisia SARS-CoV-2-näytteitä UNC Medical Center Microbiology and Molecular Microbiology Laboratoriesin johtajan tohtori Melissa Millerin laboratoriosta, jossa UNC:n COVID-19-diagnostinen testaus kehitettiin ja otettiin käyttöön 16. maaliskuuta.
"Koska tarkastelemme vain yhtä geenisekvenssiä virukselle, olemme kertoneet FDA:lle, että seuraamme jatkuvasti muutoksia tässä geenisekvenssissä, jotta voimme olla varmoja siitä, että testimme on edelleen luotettava", sanoi Miller. tutkimuksen kirjoittaja. "NGS auttaa meitä tekemään sen."
Dittmerin tuore tutkimus on suurin esikaupunki- ja maaseutuyhteisöihin keskittyvä tutkimus. Tutkijat pystyivät rekonstruoimaan tapausten mutaatiomaiseman, joka nähtiin UNC:n lääketieteellisessä keskuksessa Chapel Hillissä, NC:ssä, korkea-asteen kliinisen hoidon keskuksessa. Maaliskuun 30. ja 8. toukokuuta välisenä aikana analysoitiin 175 näytettä vahvistetuilta COVID-19-positiivisilta potilailta.
Testatuista näytteistä 57%:ssä oli samanlaisissa tutkimuksissa havaittu piikki D614G-variantti. Tämän variantin esiintyminen liittyy korkeampaan genomin kopiomäärään ja sen esiintyvyys on laajentunut koko pandemian ajan. Näistä näytteistä löydetyt geneettiset muunnelmat tukevat myös hypoteeseja, joiden mukaan suurin osa Pohjois-Carolinan tapauksista on peräisin ihmisistä, jotka matkustavat Yhdysvaltojen sisällä eikä kansainvälisesti.
UNC-Chapel Hillissä sijaitsevan NC Policy Colaboratoryn apurahan avulla Dittmerin laboratorio jatkaa NGS:n käyttöä SARS-CoV-2-viruksen jäljittämiseen loppuvuoden 2020 ajan. Tavoitteena on rekisteröidä jokainen potilas UNC-sairaaloihin, joilla on flunssa tai hengitystieinfektio. oireita COVID-19-diagnostiseen testaukseen. Nämä näytteet sekvensoidaan ja kootaan kattavan profiilin muodostamiseksi kaikista näiden potilaiden kantamista viruksista, tiedot, jotka auttavat edelleen tutkijayhteisöä taistelussa SARS-CoV-2:ta ja mahdollisesti uusia koronaviruksia vastaan.
Dittmer on myös UNC Lineberger Comprehensive Cancer Centerin jäsen. Tämän tutkimuksen tekijöitä ovat Ralph Baric, Ryan McNamara, Carolina Caro-Vegas, Justin Landis, Razia Moorad, Linda Pluta, Anthony Eason, Cecilia Thompson, Aubrey Bailey, Femi Cleola Villamor, Philip Lange, Jason Wong, Tischan Selt Seltzer, Yijun Zhou, Wolfgang Vahrson, Angelica Juarez, James Meyo, Tiphaine Calabre, Grant Broussard, Ricardo Rivera-Soto, Danielle Chappell ja Blossom Damania, kaikki sidoksissa UNC-Chapel Hilliin.
Tämä työ rahoitettiin DPD:lle myönnetyillä julkisten terveydenhuoltopalvelujen apurahoilla CA016086, CA019014 ja CA239583. Rahoitusta myönsivät myös University Cancer Research Fund ja UNC School of Medicine.
(C) UNC
Alkuperäinen artikkelin lähde: WRAL TechWire