Laboratorio de la UNC utiliza secuenciación genética para abordar los secretos del virus que causa el COVID-19
Fecha de publicación:COLINA DE LA CAPILLA – A estudio publicado en Informes celulares muestra cómo la secuenciación genética de próxima generación puede rastrear mutaciones en el virus SARS-CoV-2, lo que de hecho puede ayudar con el rastreo de la transmisión, la precisión de las pruebas de diagnóstico y la eficacia de la vacuna.
"Una vez que tenga la secuencia genética del virus con la secuenciación de próxima generación (NGS), podrá comenzar a hacer más preguntas", dijo Dirk Dittmer, PhD, profesor de microbiología e inmunología en la Facultad de Medicina de la UNC y autor principal del estudio. . “¿Dónde hemos visto antes esta secuencia exacta? ¿Vino de un estado o país diferente? ¿Cuándo viajó allí este paciente y quién más puede tenerlo?
Dittmer dice que este tipo de seguimiento del virus también es importante en las pruebas de diagnóstico. Gran parte de las pruebas desarrolladas para diagnosticar la COVID-19 buscan una porción de la secuencia genética que causa el nuevo coronavirus. Si esa secuencia muta, la prueba ya no es precisa y los resultados se verán afectados. Dittmer dice que dentro de su estudio, su equipo encontró variaciones en la secuencia genética del virus, pero afortunadamente ninguna de las variaciones se localizó en la porción del virus objetivo de las pruebas de diagnóstico comunes.
"Sin embargo, nos preocupan las mutaciones futuras", dijo Dittmer. “Es inherente a la naturaleza de un virus mutar. Los cambios en otras áreas de la secuencia genética no sólo pueden alterar las pruebas, sino también obstaculizar la eficacia de las vacunas”.
Es por eso que el laboratorio de Dittmer ha estado colaborando con muchos otros laboratorios en UNC-Chapel Hill para mantenerse actualizado sobre qué cambios se deben realizar, si es que se deben realizar algunos, en los protocolos de prueba y el posible desarrollo de vacunas. El laboratorio de Dittmer recibe muestras positivas de SARS-CoV-2 del laboratorio de Melissa Miller, PhD, directora de los Laboratorios de Microbiología y Microbiología Molecular del Centro Médico de la UNC, donde se desarrollaron e implementaron las pruebas de diagnóstico de COVID-19 de la UNC el 16 de marzo.
"Debido a que solo estamos analizando una secuencia genética para el virus, le hemos dicho a la FDA que monitorearemos continuamente los cambios en esta secuencia genética para que podamos estar seguros de que nuestra prueba sigue siendo confiable", dijo Miller, coautor del estudio. autor del estudio. "NGS nos ayudará a lograrlo".
El estudio reciente de Dittmer es el más grande que se centra en las comunidades suburbanas y rurales. Los investigadores pudieron reconstruir el panorama mutacional de los casos atendidos en el Centro Médico de la UNC en Chapel Hill, Carolina del Norte, un centro de atención clínica terciaria. Del 30 de marzo al 8 de mayo se analizaron 175 muestras de pacientes positivos confirmados para COVID-19.
De las muestras analizadas, 57% portaba la variante Spike D614G observada en estudios similares. La presencia de esta variante se asocia con un mayor número de copias del genoma y su prevalencia se ha ampliado a lo largo de la pandemia. Las variaciones genéticas encontradas en estas muestras también respaldan la hipótesis de que la mayoría de los casos en Carolina del Norte se originaron en personas que viajaron dentro de los EE. UU. y no internacionalmente.
Con una subvención del NC Policy Collaboratory con sede en UNC-Chapel Hill, el laboratorio de Dittmer continuará usando NGS para rastrear el virus SARS-CoV-2 durante el resto de 2020. El objetivo es inscribir a todos los pacientes de los hospitales de la UNC con gripe o enfermedades respiratorias. síntomas para las pruebas de diagnóstico de COVID-19. Estas muestras se secuenciarán y compilarán para formar un perfil completo de cualquier virus que porten estos pacientes, información que continuará ayudando a una comunidad de investigadores en su lucha contra el SARS-CoV-2 y los coronavirus potencialmente nuevos.
Dittmer también es miembro del Centro Oncológico Integral Lineberger de la UNC. Los coautores de este estudio incluyen a Ralph Baric, Ryan McNamara, Carolina Caro-Vegas, Justin Landis, Razia Moorad, Linda Pluta, Anthony Eason, Cecilia Thompson, Aubrey Bailey, Femi Cleola Villamor, Philip Lange, Jason Wong, Tischan Seltzer, Jedediah. Seltzer, Yijun Zhou, Wolfgang Vahrson, Angelica Juarez, James Meyo, Tiphaine Calabre, Grant Broussard, Ricardo Rivera-Soto, Danielle Chappell y Blossom Damania, todos afiliados a UNC-Chapel Hill.
Este trabajo fue financiado por las subvenciones del servicio de salud pública CA016086, CA019014 y CA239583 al DPD. El Fondo Universitario para la Investigación del Cáncer y la Facultad de Medicina de la UNC también proporcionaron financiación.
(C) UNC
Fuente del artículo original: WRAL TechWire